В соответствии с постановлением правительства Российской Федерации от 14 октября 1996 года № 1212 "Об образовании департаментов в центральном аппарате Министерства путей сообщения Российской Федерации" в составе центрального аппарата наряду с другими структурными подразделениями образуются 14 департаментов по основным направлениям работы со следующей штатной численностью:
Департамент управления перевозками 130 чел.
Департамент пассажирских сообщений 69 чел.
Департамент локомотивного хозяйства 68 чел.
Департамент вагонного хозяйства 46 чел.
Департамент пути и сооружений 68 чел.
Департамент безопасности движения и экологии 37 чел.
Департамент грузовой и коммерческой работы 56 чел.
Департамент электрификации и энергоснабжения 36 чел.
Департамент сигнализации, связи и вычислительной техники 56 чел.
Департамент экономики 67 чел.
Департамент финансов 73 чел.
Департамент кадров и учебных заведений 61 чел.
Департамент здравоохранения 36 чел.
Департамент социальной политики и охраны труда 38 чел.
В целях улучшения руководства в области технической политики, координации внедрения передовой техники и технологии на железнодорожном транспорте создается Управление технической политики со штатной численностью 20 чел.
В целях повышения уровня анализа происходящих событий и качества принимаемых решений на базе Управления делами создается Управление информационно-аналитического и административного обеспечения.
В связи с образованием указанных выше департаментов упраздняются: Управление перевозок, Пассажирское управление, Управление локомотивного хозяйства, Управление вагонного хозяйства, Управление пути, Управление по безопасности движения и экологии, Управление грузовой и коммерческой работы, Управление электрификации и энергоснабжения, Управление сигнализации, связи и вычислительной техники, Управление экономики и развития, Финансовое управление, Управление кадров и учебных заведений, Врачебно-санитарное управление, Управление социального развития и охраны труда.
